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Se dégageant de la pensée mythique, Thalès, Anaximandre, Anaximène, puis plus tard Démocrite et Empédocle, ont été les premiers à chercher à comprendre la phusis (nature) par la nature et non par des entités surnaturelles. Le principe fondamental posé par les premiers philosophes est donc que l’univers est rationnel, qu’il constitue un ensemble structuré, que l’homme peut découvrir sa raison (logos).
D’après Karl Popper, on doit aux philosophes de la Grèce antique, notamment aux présocratiques, l’invention du rationalisme, c’est-à-dire la tradition occidentale de la discussion critique, source de la pensée scientifique. Il s’en explique dans un chapitre de Conjectures et Réfutations intitulé "Retour aux présocratiques" :
Ces éléments indiquent, selon lui, que c’est Thalès qui est à l’origine de cette tradition de liberté nouvelle, fondée sur une relation originale entre maître et disciple. Thalès a su tolérer la critique et, plus encore, il a fondé la tradition prescrivant d’y faire droit. Popper identifie là une rupture par rapport à la tradition dogmatique, qui n’autorise qu’une seule doctrine d’école, afin de lui substituer le pluralisme et le faillibilisme.
Selon Popper, c’est donc uniquement dans l’échange des arguments ou dans la pensée critique que réside ce qu’on appelle le « rationalisme ».
Mais à partir de Descartes, la rationalité moderne se constitue surtout dans le rejet de la tradition, perçue comme un ensemble de préjugés néfastes. Ainsi Jules Simon dans La Politique radicale, 1869, rend hommage à Descartes en ces termes :
Pour Condorcet (Esquisse d'un tableau historique des progrès de l'esprit humain, 1794), tout homme est doté d'une « raison » que Descartes appelle aussi « bon sens », c’est-à-dire la capacité de comprendre suffisamment le monde pour se guider soi-même dans sa vie tant privée que publique. C'est cette faculté qui constitue la dignité de l'homme et permet de récuser le «sujet» de la monarchie dépendant et soumis, pour constituer le «citoyen» de la République, autonome et responsable.
Selon ce principe d'interprétation, est moderne un certain type de rapport au monde où l'homme se pose comme pouvoir de fondation (fondation de ses actes et de ses représentations, fondation de l'histoire, fondation de la vérité, fondation de la loi) : c'est un tel pouvoir d’auto-fondation et de rupture avec le passé qui définit le rationalisme moderne.
Dans La société ouverte et ses ennemis, Karl Popper a précisé ce qu’il entendait par « rationalisme ».
Etre rationaliste c’est admettre la discussion critique et la concurrence des arguments. L’autoritarisme intellectuel est aux antipodes du rationalisme tel que Popper l’entend.
Friedrich Hayek a identifié dans le rationalisme cartésien, ce qu'il a appelé un « constructivisme », à savoir un « désir de tout assujettir à un contrôle rationnel ». Selon cette tradition rationaliste cartésienne, l’homme serait capable, par sa raison, d’inventer la civilisation, de la construire selon un plan bien déterminé.
« On peut pas non plus nier, dit Hayek, que l'utilisation délibérée de la raison comme instrument critique aux XVIIe, XVIIIe et XIXe siècles a peut-être été la cause principale du développement plus rapide de la civilisation européenne. » C’est pourquoi le reproche de Hayek s’adresse moins à Descartes lui-même, qu’à ceux qui, comme Hobbes, Rousseau, puis plus tard Saint-Simon et Comte, ont voulu appliquer les préceptes cartésiens à la sphère sociale et politique.
Ce nouveau rationalisme, qui n’est pas imputable à Descartes proprement dit, mais à sa postérité, s’est développé contre la théorie du droit naturel, « qui admettait qu'une bonne partie de l'institution de la civilisation n'était pas le fruit d'un dessein humain délibéré ». Il a conduit au scientisme et au socialisme du XIXe siècle, sapant les bases de philosophie morale classique et de sa référence à un donné qui nous préexiste.
Hayek propose alors d'utiliser, à la suite de son ami Karl Popper, deux termes pour distinguer les sortes de rationalisme. Il y a d'une part le « rationalisme critique », et d'autre part le « rationalisme naïf », ou constructivisme. Pour le premier, les institutions humaines (le langage, la monnaie, les règles morales, le droit, etc.) se sont surtout développées par un processus évolutif d'essais et d'erreurs ; celles qui ont survécu (la famille nucléaire, par exemple) se sont ainsi révélées les plus utiles à l'activité humaine. Le second conçoit les institutions humaines comme le produit des plans humains, et propose de construire de nouvelles institutions pour réaliser des objectifs déterminés. Seul le premier type de rationalisme est raisonnable selon Hayek.